En la década de los ochenta del siglo XX, se desarrolló en Santa Cruz una conciencia de crear museos para la ciudad y el departamento. Hasta ese momento, sólo existía la Casa de la Cultura como único referente cultural de la región. Por ello, la Universidad y otras instituciones culturales gestionaron que algunos inmuebles patrimoniales de la ciudad fueran convertidos en museos. En ese tiempo, la Casa de la Cultura obtuvo una vieja escuela para convertirla en el Museo de Arte (1991); el Arzobispado de Santa Cruz de la Sierra cedió un espacio en la Catedral e implementó el Museo Catedralicio (1983); y la Corporación de Desarrollo de Santa Cruz (CORDECRUZ) creó el Departamento de Implementación de Museos y desarrolló un plan de museos temáticos en cada región del departamento. La Universidad Autónoma Gabriel René Moreno (UAGRM) inició gestiones bajo la conducción del Dr. Manuel Jesús Angulo y del Dr. Mario Gabriel Hollweg, para que la casa ubicada al lado del Paraninfo Universitario y del Rectorado, donde funcionaba la Unidad Sanitaria, fuera cedida para establecer en ella un museo. Después de dos años de intentos se logró que, en diciembre de 1986, el gobierno central transfiera a título gratuito el inmueble solicitado “con destino exclusivo al Museo Regional y Archivo Histórico, no pudiendo dedicarse el referido inmueble a ningún otro fin” a través del Decreto Supremo 21499.
El decreto establecía un tiempo necesario para el traslado de la Unidad Sanitaria a otro inmueble. Finalmente, en 1989 se hizo efectiva la transferencia y el rector de ese momento, el Dr. Manuel Jesús Angulo, decidió crear un Comité Interinstitucional conformado por 11 instituciones, para encarar el proyecto del Museo Regional. El Comité debía elaborar un proyecto de reglamento operativo para el funcionamiento del Museo, además de conducirlo en lo cultural, financiero y científico-técnico. Esta instancia estaba presidida por el Comité pro Santa Cruz y la tesorería estaba en manos de la CORDECRUZ que otorgó los fondos para recuperar la estructura del edificio. En julio de 1995, ante la desaparición de la CORDECRUZ, volvió a manos de la Universidad y se comenzó el trabajo de implementación de las primeras salas, entre ellas, la Sala de Teatro. Esta sala se inauguró el 25 de noviembre, con una puesta en escena de la compañía Casateatro del director René Hohenstein. Desde esa fecha, la sala funciona de manera permanente los fines de semana con obras de esa y otras compañías teatrales, siendo una de las salas de los festivales nacionales e internacionales de teatro.
En enero de 1996, el Museo de Historia abrió sus puertas al público bajo el lema “Rescatemos nuestra historia”. La primera exposición temporal que se inauguró, con
el apoyo del Museo Nacional de Etnografía y Folklore y financiada por la Fundación Banco Central de Bolivia, fue sobre la “Cultura Ayoreode” montada en tres salas de
exposición. Estuvo abierta al público desde julio de 1996 hasta diciembre de 1997. En julio de 1996, se realizó la primera presentación de libros con la Bio-bibliografía boliviana 1995 de Werner Guttentag a cargo de la editorial Los Amigos del Libro. Asimismo, se realizó el Primer Ciclo de Conferencias de Historia Cruceña, en noviembre de ese año, con la participación de reconocidos historiadores y antropólogos. En agosto de 1996, se inauguró la primera exposición permanente sobre la “Cultura Chiquitana”, con el apoyo del Museo de Historia Natural Noel Kempff Mercado, el proyecto Bolfor y los antropólogos Rosa María Quiroga y Bernardo Fischermann. En la actualidad esta exposición ha sido enriquecida con piezas donadas por el pueblo Chiquitano con el apoyo de la cooperación holandesa (SNV) y se ha convertido en una ventana de la historia, arte y cultura de los chiquitanos en la capital cruceña. El 2011, el Museo de Historia cumple 15 años de actividades ininterrumpidas encaminadas hacia la preservación del patrimonio, a la investigación del pasado, de las culturas que habitan el departamento, a la formación de jóvenes investigadores, sin dejar de lado las exposiciones permanentes y temporales, las presentaciones de teatro y de libros, seminarios, talleres y conferencias. A pesar de no contar con el presupuesto necesario, visitan el Museo más 35 mil personas al año, siendo la mayoría público escolar, universitario y turistas. De esta manera, la Universidad cumple con la sociedad,
llegando a todos sus miembros y difundiendo su historia.
